為何要「諸惡莫作，眾善奉行」之後，又要「自淨其意」？

凡夫因有無明煩惱的緣故，所以首先要學習正確的是非善惡的觀念，並且接著要斷惡修善，也就是要「諸惡莫作，眾善奉行」，以導正自我的偏差思想與行為。

但是僅僅如此是不夠的，因為僅僅如此的話，凡夫還是會因善惡的分界而嫉惡如仇，導致無明煩惱的滋生與增長。所以，接著還要學習如何在知善惡的基礎上，淨化自己的心靈，也就是說，自己要學習斷惡修善之外，也要學習不因善惡的現象而起種種的煩惱，這就是所謂的「自淨其意」。如此，一方面「諸惡莫作，眾善奉行」，另一方面「自淨其意」，如此雙管齊下，才能一方面不會為害世間，而能造福世間，另一方面又不會厭惡世間，痛恨世間，而能慈悲世間、救度世間。